Mesyuarat MAIWP Bil. 110/2009 yang berlangsung pada 27 Julai 2009 pada dasarnya telah bersetuju untuk menubuhkan SMISTA di Wilayah Persekutuan.

-Rasional penubuhan adalah untuk memenuhi permintaan dan kehendak masyarakat yang telah sekian lama ingin melihat agar wujudnya sebuah sekolah agama integrasi sains & tahfiz diperingkat Wilayah Persekutuan,terutamanya di Kuala Lumpur.
Konsep pelaksanaan adalah dengan melaksanakan pendidikan yang bersifat holistik,menggabungkan pendidikan moden dan konvensional.
​-SMISTA -MAIWP menyediakan pendidikan menengah aliran agama dengan menggabungkan modul kurikulum KBT,
iaitu kurikulum bersatu Tahfiz SMISTA MAIWP telah didaftarkan sebagai Sekolah Agama Bantuan Kerajaan (SABK) pada 6 ogos 2014.

Pada 4 Januari 2011, Sekolah Menengah Integrasi Sains Tahfiz (SMISTA) mula beroperasi dengan pengambilan sulung seramai 57 orang pelajar lepasan UPSR dari sekitar Kuala Lumpur.

SMISTA telah didaftarkan sebagai Sekolah Agama Bantuan Kerajaan (SABK) pada 6 Ogos 2014.

Kini jumlah pelajar seramai 363 orang manakala bilangan guru seramai 50 orang dan 8 orang staf. Selain dari itu, SMISTA juga mempunyai 18 orang Guru Tahfiz Jemputan