Pengajian Tahfiz di SMISTA bermula pada Februari 2011 dengan hanya 4 buah kelas dan 4 orang guru. Pengajian ini pada awalnya menggunakan kurikulum hafazan tersendiri yang membolehkan pelajar khatam pada Tingkatan 4. Seterusnya pelajar akan mengulang pada Tingkatan 5.

Pengajian Tahfiz di SMISTA amat menekankan aspek pengulangan disamping hafazan baru yang perlu mengikuti silibus yang ditetapkan. Dengan penekanan terhadap ulangan ini akan menghasilkan murid yang cemerlang hafazan sekaligus mampu bersaing dalam pertandingan-pertandingan di semua peringkat.

Pada tahun 2015, Kurikulum Bersepadu Tahfiz (KBT) yang disediakan Kementerian Pendidikan Malaysia mula diperkenalkan. Dengan pendekatan KBT ini, satu lagi ilmu baru didedahkan iaitu Fiqhul Ayat. Kesemua pendekatan hafazan di SMISTA MAIWP amat menekankan aspek pengulangan hafazan.

Dengan sistem KBT, pelajar akan menamatkan hafazan 30 juzuk pada tahun ke-5 persekolahan dengan lebih menekankan aspek pengulangan. Dan bermula tahun 2017, Hafazan Al-Quran mula diuji dalam PT3 sebanyak 19 juzuk dan seterusnya dalam Sijil Peperiksaan Malaysia (SPM) sebanyak 11 juzuk.