SMISTA akan mengguna pakai kurikulum yang telah disediakan dan diluluskan oleh Lembaga Penyelarasan Pelajaran dan Pendidikan Agama Islam (LEPAI) dengan menggabungkan dua komponen utama:
- Kurikulum Bersepadu Sekolah Menengah (KBSM)
- Pengajian Al-Quran (Tahfiz)
Para pelajar Tingkatan 4 & 5 akan mengikuti pengajian dalam aliran Sains Tulen dan Sastera Ikhtisas. Pelajar aliran Sains Tulen diberi pilihan samada mengambil subjek Biologi atau Prinsip Akaun, seperti jadual di bawah. Berdasarkan aliran tersebut, MAIWP berharap akan dapat membuka peluang yang luas kepada para pelajar untuk menyambung pengajian ke tahap yang lebih tinggi samada di dalam atau di luar negara.
| SAINS TULEN | SASTERA IKHTISAS |
| Biologi / P. Akaun | Prinsip Akaun |
| Kimia | Ekonomi |
| Fizik | Sains Tambahan |